A tono con las políticas del Ministerio de Educación Superior (MES) y el CITMA, la universidad ostenta seis líneas de investigación que posibilitan la incorporación de diferentes procesos vinculados a la investigación científica. Estas líneas fueron aprobadas por el Consejo Científico y se designaron responsables por cada una para su asesoramiento y control. Las líneas tributan a las necesidades tecnológicas del MES y el INDER, y se asumen a través de los proyectos que se desarrollan principalmente en la UCCFD “Manuel Fajardo”. Las líneas son:
- La Educación Física y su lugar en el modelo pedagógico cubano (1 proyecto de investigación asociado)
- La preparación del deportista cubano (2 proyectos de investigación asociados)
- La Psicología en la Actividad Física y el Deporte (2 proyectos de investigación asociados)
- Recreación y desarrollo humano (2 proyectos de investigación asociados)
- Actividad Física en la Rehabilitación y promoción de salud (4 proyectos de investigación asociados)
- Formación del profesional de la Cultura Física y el Deporte (2 proyectos de investigación asociados)