La Universidad de Ciencias de la Cultura Física y el Deporte Manuel Fajardo cuenta con más de cincuenta convenios firmados con instituciones nacionales. Como parte del programa por el 50 Aniversario de la Casa de Altos Estudios, en el último año destacan nuevos lazos con las universidades capitalinas, entre ellas: Universidad de Ciencias Informáticas (UCI), Universidad de Ciencias Pedagógicas Enrique José Varona (UCPEJV), Universidad Tecnológica de la Habana “José Antonio Echeverría” (CUJAE), Universidad de la Habana (UH), Universidad de las Artes (ISA), Universidad de Ciencias Médicas de la Habana, Instituto de Relaciones Internacionales “Raúl Roa García” y Escuela Latinoamericana de Medicina (ELAM). De igual forma se han estrechado lazos de cooperación con la Dirección Provincial de Deportes en la Habana, el Jardín Botánico Nacional y la Escuela Ramal del INDER.